ciao,
veramente il secondo genera un numero minore di errori (12 contro 26), ma ciò dipende dal contenuto, non dal contenitore. inizia a rimuovere il tag
center dal template, poi buon lavoro

nota che devi agire anche su tutti i contenuti (articoli, componenti, moduli) il template non basta.
ps: se google indicizzasse solo i siti conformi allo standard ne conterebbe un centinaio...
ciao,
marco