Beh che dire, la situazione è un po' complessa e ci sono tante domande.
Procediamo per ordine, non è difficile insegnare al committente come registrare gli utenti.
Ti faccio un esempio, una nota ditta italiana che produce caminetti solo ai suoi rivenditori, costoro hanno accesso al sito mediante nome utente e password assegnati dalla ditta.
Divagazione per dirti che, secondo me, l'opzione più semplice resta quella di far compiere la registrazione all'amministratore del sito, l'utente riceve nome utente e password, accede al sito e potrà anche variare la sua password con una di suo gradimento (così non la chiedi nel form).
Per quanto riguarda ChronoForms, salva tutto nel database, se apri con PHPMyAdmin il tuo database, ti renderai conto che ci sono delle tabelle riguardanti i dati registrati nel form (però attenzione che qui potresti far danni).
ChronoForms (o qualunque altro componente per form, ti consiglio CKForms molto molto semplice), ti consente di inviare una mail contenente i dati inseriti dall'utente nel form.
Per quanto riguarda la possibilità di scaricare software da parte dei tuoi utenti, è sufficiente creare un'area download con uno dei tantissimi componenti e limitare il download agli utenti registrati. Dei buoni componenti in questo campo sono RokDownloads, Remository e JoomDOC.