prova ad attivare la cache del sito lasciando il tempo di default di 15 minuti
se ti avvisano ancora aumenta il tempo a 30 minuti
il lavoro della CPU è inversamente proporzionale alla RAM (anche se in un so linux non così tanto come un win) quindi anche sapere di quanta ram dispone la macchina sarebbe un dato importante per capire cosa possa incidere così tanto, certamente attivando la cache succede che la pagine html prodotte dal codice php quando un utente visita il sito non vengono perse ma memorizzate nella cartelletta o nel database (lo decidi tu) e riutilizzate e questo risparmia certamente la macchina (cpu + ram)
altro modo potrebbe essere quello di utilizzare la compressione gzip per il template soprattutto se ha questa opzione
da quanto ho letto nel forum l'uso di determinate estensioni per gestire i menù sfruttano un po troppo le risorse ma nel tuo elenco non le leggo, forse il componente per riscrivere gli indirizzi? dovrebbe avere una sua cache, verifica che sia attivata
di più non saprei dire e mi lamenterei con l'assistenza hosting per la genericità dell'avviso, di certo a loro basta l'occhiata di un tecnico per risalire alla cosa che succhia così tante risorse...
verifica anche che qualche malware non sia penetrato nel sito.. magari anche solo visivamente spulciando nel database e nelle varie cartelle via ftp con filezilla e magari utilizzando una ripartizione del tuo pc con ubuntu installato, non si sa mai magari il tuo pc è infettato da qualche rotokit o altra bestiaccia..
