ciao valtere,
lavorare con .htaccess o con le impostazioni di apache è la medesima cosa! .htaccess non è che una estensione di httpd.conf atta a permettere la delega di determinate operazioni di configurazione e per quanto ti interessa funziona come iis (interfaccia a parte
)
nel tuo caso però non penso ti serva. non è che nel vecchio sito tutti i documenti riservati si trovavano in una determinata cartella? nel caso con un cms, non potrai più agire da server web, ma dovrai cercare, come ipotizzato, una estensione per limitare l'accesso a determinate aree del sito.
io, però, di consiglio di orientarti sulla profilazione degli utenti, più che sul blocco degli ip.
ciao,
marco