Ricapitolando...
Il problema è nato perchè non riuscivo ad aggiornare il sito sul server remoto. Ciò era dovuto al fatto che, una volta esportato il dbase in locale, non riuscivo ad importarlo sul server a causa di un errore. Il sito comunque funziona in locale correttamente. Da prove empiriche in locale ho trovato che sono i file "general_log" e "slow_log" che mi bloccano l'importazione con un errore. In locale ho cancellato tali file dal dbase ed il sito continua a funzionare correttamente. Analizzando alcuni backup precedenti i file indicati non ci sono e quindi posso pensare siano dovuti ad un aggiornamento di MySql del server, come indicato dal Reference Manual.
Vorrei capire quindi se tali file sono necessari in remoto, se devo quindi preservarli o se il server, non trovandoli, li genera nuovamente.
Spero di essere stato chiaro... anche se ormai mi rimane solo di provare a cancellare tutto sul server

Grazie ancora per l'attenzione,