Ne cambio si sistema sia esso joomla o qualcos'altro, anche un semplice cambio di pagine e descrizione, porta alla perdita (sia parziale se mantini parte dei contenuti e link o totale) delle vecchiè indicizzazioni, che puntano a link non piu' attivi. Questo spiega un calo di visite.
Che sia in una sottocartella, se indicizzato nel modo giusto, non fa differenza ( a meno che non hai editato il file robot.txt in modo errato).