Ciao,
se leggo un articolo e clicco su Home, mi riporta sullo stesso.
Un piccolo consiglio: abilita la riscrittura delle url dall'area di amministrazione. rinomina, prima, il file htaccess.txt in .htaccess.
Adesso hai delle url tipo: index.php?option=com_content&view=article&id=10:lore....
Per quanto riguarda il tuo post di apertura, non vorrei che il comportamento della voce di menu Home possa dipendere dal fatto di aver installato joomla nella cartella /sito
Dopo averlo installato hai abilitato, nel file .htaccess, il RewriteBase ?
Io lavoro spesso, se non sempre, installando joomla in una sottocartella, quando non posso creare un sottodominio.
Quello che accade a te a me non è mai successo.
Prova a fare questo passaggio:
porta sul desktop il file .htaccess via ftp.
aprilo e trova # RewriteBase /
il # sta ad indicare che è commentato, quindi non funziona.
elimina il # in modo da avere:
RewriteBase / nomecartella-in-cui-hai-installato-joomla
nel tuo caso:
RewriteBase / sito
salva e riporta il file sul server.
Aggiornaci
Saluti