Ciao
La prima cosa che mi viene in mente si basa sul funzionamento dei plugin. Funzionano al verificarsi di un determinato evento (es. la formattazione del testo prima della visualizzazione) ma se un plugin, durante la sua azione genera a sua volta un evento x il quale viene attivato un altro plugin magari può fargli fastidio e non farlo funzionare.
Parlo in linea teorica ovviamente escludendo che eventuali problemi non piano causati dal codice del plugin scritto malamente.