appunto, sarebbe preferibile che il sito stia nella root del dominio, nel www. e non in una sottocartella.
fai le copie se temi qualcosa, sovrascrivere non comporta mai problemi se l'operazione la fai via ftp con filezilla, in pratica è un aggiornamento come un altro, magari metti il sito offline nel frattempo.
serve per evitare di perdere magari 10 giorni di smadonnamenti per poi scoprire che un file era corrotto.