Ciao,
il tuo è un quesito molto gettonato.
Per risolverlo bisogna, in pratica, fare un override del componente com_users, quindi:
a. Prepararsi che sarà faticoso.
Intanto bisogna istruire joomla a inviare la mail in formato HTML e non Testo, questo si può fare dal file
/libraries/joomla/mail/mail.php , in joomla 3.7.0 riga:677: public function sendMail($from, $fromName, $recipient, $subject, $body, $mode = false, $cc = null, $bcc = null, $attachment = null,
La variabile $mode deve diventare true.
Poi bisogna scrivere l' html.
Nel file /components/com_users/models/registration.php abbiamo569: $return = JFactory::getMailer()->sendMail($data['mailfrom'], $data['fromname'], $data['email'], $emailSubject, $emailBody);
Ciò che va modificato è $emailBody.
Il file ha solo JText::sprintf() perchè è previsto il solo testo. Penso che potresti utilizzare l' analogo JHtml::tuoMetodo() per inserire il body della mail con logo e link.
Ciao!