Io preferisco usare notepad per entrambi!
Divento scemo con FireFTP. 
Cmq veniamo al sodo.
Ho capito che la parte main, viene richiamata con <?php mosMainBody(); ?>, non posso crearne 2 di funzioni così?
Ho visto che creando un'altra cella sotto a quella e incollandoci lo stesso richiamo funziona.
Però io dovrei crearne 2, è na cavolata?
Si vero? 
Ok, ora sto inserendo le immagini che creeranno il mio template.
Ma devo inserirle come background o come immagine?
Avanzi da bere ovviamente 
Si. è una cavolata
Per le immagini considera questo:
1. se le metti come immagini (tag <img>) verranno inserite dentro una cella e la ridimensioneranno secondo le proprie dimensioni. Però dentro quella cella non potrai più mettere niente.
2. se le metti come sfondo di una cella dovrai indicare tu la dimensione della cella stessa e dimensionarla quanto l'immagine. In questo caso potrai inserire anche del testo (o dei moduli se gli crei la zona) all'interno della cella.
Nel primo caso puoi inserire l'immagine direttamente nel file index.php. Nel secondo ti conviene creare una classe nel css tipo:
.miaclasse {
background-image: url(../images/nomefile.jpg);
background-repeat: no-repeat;
}
E' consigliabile in questo caso guardare come sono fatti i CSS del template (o di altri template), leggere la guida sui css di Joomla nella sezione download -> tutorial (soprattutto per le classi di default di Joomla) e magari la guida ai css su html.it.
Per ultimo c'è anche un bellissimo manuale dello sviluppatore sempre in Download -> tutorial.
E questa splendida guida sui
template di JoomlaAdesso hai tutto quello che ti serve per lavorare
PS
Usi notepad!!!! Coraggioso!!!
Cerca un editor adatto a php. Che magari ti evidenzi con i colori la sintassi delle istruzioni. Così riesci a vedere la differenza tra codice php e tag html.
Se vuoi te ne consiglio qualcuno
