Ciao Pizzaballa,
prova a lavorare sull'HTML del template! ;-)
È una cosa che dovresti riuscire a fare (in base al template che hai installato) direttamente dall'amministrazione di joomla:
Estensioni>Gestione Template>(scegli template)>Mod HTML
Spesso e volentieri devi mettere mano anche ai CSS, in molti mettono i riferimenti al logo proprio li