Ciao Robby,
i problemi potrebbero essere due:
- un conflitto di css
- una modifica ai parametri di default di JCE
Innanzitutto verifica di aver caricato il JCE administrator.
Se lo hai installato, vai in "groups" e entra nei parametri del gruppo "default".
Nel gestore delle immagini, verifica di "default" quale impostazione è settata per il gestore delle immagini: tieni presente che ce ne sono diversi, qui non so se tu utilizzi l'image manager standard o l'extended, che però mi risulta nell'ultima versione essere a pagamento (almeno l'accesso al download per avere tutti plugin aggiuntivi).