Ciao,
mi pare che il problema sia nel modo in cui sono indirizzati i fogli stile (css).
Se visualizzi il codice delle tue pagine, infatti leggi link css del tipo:
/index.php/templates/system/css/system.css
quasi index.php fosse una directory. Ammetto la mia ignoranza, non concosco questo modo di allegare i css, quasi fossero indirizzi, ma sicuramente questa notazione ti crea dei problemi nel momento in cui il modulo seo cambia gli indirizzi.
Prova ad andare nell'index.php del template e cambiare queste notazioni con indirizzi relativi al file (tipo "../css/system.css", per capirci).
Un consiglio: le keywords vanno separate da una virgola, altrimenti sno considerate come una singola...