Ciao lello_67,
non preoccuparti.
L'importante è usare filezilla che ti permette di controllare se tutti gli upload vanno a buon fine.
L'aggiornamento, cdome ti dicevo, sovrascrive solo i files con lo stesso nome, quindi l'unica cosa da fare è:
Scampatti l'archivio dell'aggiornamento in locale
Apri filezilla
Fai l'upload del contenuto della cartella che hai in locale nella root del sito.
Dovrai dirgli di sovrascrivere i files, perchè filezilla te lo chiede.
Devi dirgli anche di comportarsi così (sovrascrittura) per tutti gli altri files, altrimenti te lo chiede ogni volta.
Di solito ci vuole 1 o 2 minuti per fare un aggiornamento