Le 2 procedure sono corrette anche se quella di installare una versione vergine e travasare poi le cartelle mi sembra un passaggio inutile, dunque il problema potrebbe essere altrove, magari un componente sef che debba ricreare gli url, prova a svuotare la cache e anche a disattivarlo momentaneamente, le cartelle virtuali non c'entrano perche fanno riferimento solo a redirect, e forse per questo controlla se hai esportato correttamente anche il file .htaccess, in alcuni host non risulta trasferibile.