Ciao jap,
se incolli una gif animata su un jpg questa non è più animata... Il formato jpg non permette di visualizzare l'animazione. In teoria dovresti salvare tutto l'header come gif animata. Non so se il programma di fotoritocco da te utilizzato permetta questo tipo di salvataggio perché non lo conosco. Puoi provare. Nel caso sostituissi l'Header.jpg con Header.gif ti basta poi cambiare il collegamento nel file css. Metti l'immagine Header.gif nella stessa cartella dell'altra, la carichi via ftp, e poi correggi solo qui:
template.css riga 402
div.Header-jpeg {
background-image:url("../images/Header.jpg"); <---- Header.gif
background-position:center center;
background-repeat:no-repeat;
height:390px;
left:0;
position:absolute;
top:0;
width:1000px;
z-index:-1;
}