Secondo me c'entra qualcosa il plugin Jsecure che probabilmente ha ancora in "memoria" l'URL vecchio (miosito/joomla).
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non so se è qs il problema, magari non hai aggiornato il configuration.php o l'htaccess, comunque sia JSecure non è umano, non ha memoria e tutto ciò di cui ha bisogno lo devi scrivere tu da qualche parte, solitamente nella configurazione.
M.
