Salve.Ora go risolto tutto. Praticamente sono entrati sia dal modulo GoogleSiteMap e sia dall'OpenSef(soprattutto).
Non credo poi siano riusciti a rubare la pass dell'ftp e del database, hanno semplicemente cambiato i permessi alle cartelle di questi componenti (che ingenuamente io avevo lasciato a 777), in modo che non potessi più disinstallarli.
E' stato sufficiente scrivere all'amministratore del server, che in quanto root, ha provveduto a cancellare le cartelle incriminate; non è necessario reinstallare tutto.
Ho recuperato totalmente anche il forum in SMF.
Comunque ho provveduto anche a far cambiare le pass dell'ftp e dei database.
Da notare che tutto questo è successo con SAFE_MODE impostato ad OFF.
L'unica cosa che non ho capito, e sarei felice se qualcuno me lo dicesse, e come hanno fatto a cambiare i permessi su quelle cartelle senza sapere la pass del ftp.
Credo che sia utile mettere questo topic in evidenza perchè l'amministratore del server mi ha confermato che sono stati hackerati altri due siti in Joomla su quel server nella stessa maniera.
Grazie comunque dell'aiuto e spero che possiate fornirmi informazioni su cosa è successo.
Ciao!