si, lo puoi fare,semplicemente iniziando a creare le directory(cartelle) nel tuo ftp, però poi dovrai perdere molto molto molto tempo a modificare i puntamenti.
esiste un mod chiamato ****** se non sbaglio, che praticamente va a proteggere la cartella ma a questo punto modifichi il file .htaccess
prova a cercare in google queste parole:
sviluppo-joomla-esempi-e-trucchi/48-proteggere-l-accesso-alla-directory-administrator