diciamo che Joomla è abbastanza versatile e generalista, delle volte ci si deve accontentare e si deve fare i conti con alcuni limiti, ma ci sono alternative sempre open source.
Il webmaster o comunque il direttore di un determinato progetto sceglie il CMS o la piattaforma tecnologica più adatta alle esigenze del progetto.
Non conosco il tuo progetto e le necessità di questo pertanto non so se possa essere un grandissimo limite questa personalizzazione backend.