ciao
perché hai fatto in quel modo?
non ti piace fare un upgrade come fanno tutti ?
tramite ftp carichi il upgrade sovrascrivendo la vecchia.
lavorare sensa complicarsi la vita non vi piace.
se non siete sicuri di quello che fate chiedete qualcuno ti avrebbe risposto.
mio consiglio ripristina il tuo backup che hai fatto , poi sovrascrivi i file con la nuova versione in questo modo hai tutto il tuo sito come prima ca con joomla aggiornato.