Benvenuto nel forum di joomla.it legio,
in verità non è che joomla non funzioni su server windows, solo che anche chi gestisce interamente un server ("you must have a fully operational web server (Apache or IIS)") e se ne intende ha veramente delle difficoltà a causa della diversa architettura del server stesso.
Vuol dire che se sei amministratore di un intero server win della tua azienda, devi fare i salti mortali con i settings del server stesso, aprendo a volte alcune vulnerabilità e stando sempre in campana. Insomma, è difficile per un sistemista che ha il pieno controllo del server, con un buon background, impossibile per chi gestisce una parte di server windows condiviso

Infatti nessun hosting assennato aprirà servizi per un sito hostato win su server condiviso, ne và della sicurezza di
tutti i siti hostati su quella macchina.
E visto che gli utenti di questo forum non sono al 99,9% sistemisti e gestori di server "in proprio" da qui "windows ciccia".
Se vuoi mettere joomla su server win, prima ti fai il tuo bel sito completo e definitivo sulla tua macchina con una LAMP.
Poi lo trasferisci sul server.
Dopodichè spera di non aver bisogno di installare estensioni o fare altre operazioni perchè sarà praticamente impossibile, se il server non è tuo e non ne hai un accesso completo.Il sito molto probabilmente funzionerà ma sarà "statico" nel senso che un mare di features di joomla che ti permette aggiornamenti con pochi semplici clicks saranno indisponibili.
Tanto vale usare un CMS sviluppato per server windows o fare un sito HTML

Spero di aver fatto chiarezza.
PS Se guardi nella sezione joomla 1.6 c'è un utente amministratore di server win molto preparato che sta facendo degli esperimenti con joomla 1.6. Lui stà risolvendo molti problemini facendo prove su prove.
Solo che ha il completo controllo del server e può gestirlo come meglio crede cosa che un utente "normale" non potrà mai avere.
PS 2 Controlla anche bene che tipo di contratto hai con l'hosting, alcuni vietano espressamente l'utilizzo di joomla sui propri server win per il fatto che alcune funzioni strassano la CPU (stesso motivo di sempre, se il CMS è sviluppato per un tipo di server, usarlo su un altro ne provoca a volte l'utilizzo esagerato di risorse per il fatto di dover fare "accrocchi tecnici")
Ciao!