operazione rischiosa!
il file index.php serve per caricare tutti gli altri contenuti...
praticamente ti consente, credo, di non avere tante pagine da richiamare ma una unica, dove crea tutto il contenuto e si genera il codice necessario alla visualizzazione della pagina...
Se tu lo modifichi e non sai dove mettere le mani è normale che non trovandosi più le istruzioni di cui ha bisogno per funzionare ti dia messaggi di errore.
Non sono semplici pagine statiche in grado di funzionare anche se ne manca una.