non è un upgrade, è un nuovo cms diverso a tutti gli effetti.
e le estensioni non avranno il "legacy" come era accaduto per joomla 1.5 ne confronti della 1.0
virtuemart non sarà disponibile anche per la 1.6 a breve, questo almeno dicono chi se ne interessa più di me.
in pratica non hai alcun problema, almeno per il momento.