Hai subito un attacco.
Alcuni file (molto probabilmente tutti i file index.html e index.php) del tuo sito hanno subito una modifica.
Un simpatico individuo ha modificato e aggiunto una parte di codice nocivo per tutti coloro che visitano il tuo sito.
Consiglierei
1. Recupero del sito da un Backup recente dei file e del database mysql (se li hai fatti)
2. Cambio credenziali di accesso (username e password) sito, server, ftp e mysql in quanto probabilmete ormai compromesse.
3. Al ripristino del database è consigliabile cambiare anche il prefisso delle tabelle da quello di default jos_ con uno un po' più anonimo ad esempio goh_
4. Controllare nel sito ufficiale se le estensioni che stai utilizzando non siano
catalogate come non sicure, nel caso siano catalogate rimuovile o aggiornale a versioni più sicure, se esistenti.