Aggiornamento: ho cancellato tutte le categorie e ho fatto sì che tutti gli articoli corrispondenti alle voci di menu venissero dichiarati come appartenenti ad una categoria di 1° livello.
Non ho risolto il problema, ma se modifico una delle voci di menu di 2° livello la faccio salire nella root del menu allora non ho problemi, se la sposto anche solo di un livello in basso ottengo l'errore da cui ha avuto origine questo thread.