Ciao aleteck.
Secondo me il punto di partenza non è corretto.
Premesso che quel che "vendi" non è joomla ma il servizio che tu rendi al cliente per calcolare i costi bisogna tenere conto, appunto, dei servizi resi.
Ad esempio:
1) template personalizzato? template acquistato? template free?
2) analisi preventiva per stabilire la struttura e le funzionalistà del sito
3) è necessario che il sito sia ben visibile sui motori di ricerca?
4) funzionalità del sito: estensioni personalizzate o standard?
5) i contenuti chi li fornisce? Chi li inserisce? sito mono o multi lingua?
6) assistenza post pubblicazione?
Ti ho fatto solo alcuni esempi, quelli che mi sono venuti in mente prima, di argomentazioni che possono far lievitare il costo di un sito anche oltre i 5.000 euro.
Molte di queste argomentazioni possono anche coinvolgere figure professionali esterne (ad esempio un grafico se il cliente vuole un template personalizzato e se tu non sai fare il grafico).
Il costo non dipende dal tipo di sito (blog, pizzeria, azienda, quotidiano locale) ma dalle esigenze del cliente e da quanto spendi di te stesso (della tua professionalità) per realizzarlo.
Ora, sempre secondo me, dire che un sito costi 99 euro significa: te lo installo e poi te la sbrighi da solo...

Ma di certo non avrai mai nulla di quanto detto sopra.