Ciao
Ti sconsiglio fortemente ad aggiornare in locale e uploadare solo le modifiche in remoto, prima o poi farai un errore irreparabile. Piuttosto utilizza il metodo di applicare le modifiche direttamente online, direttamente per semplice aggiunte di contenuti, per il resto fai prima prove in locale, modifiche grafiche, nuovi componenti, ecc. e poi una volta sicuro dell'esito positivo le rifai in poco tempo in remoto, magari mettendo temporaneamente offline il sito. Il concetto deve essere che il sito principale di lavoro deve essere quello online, quello locale invece deve essere una copia di quello online, una volta effettuate le modifiche online, ti cancelli la copia locale e ripristini un backup di quella online, così sei pure sicuro di avere dei backup funzionanti.