Ciao black,
a parer mio è meglio se sposti il sito joomla nella root e il "vecchio" in una subdirectory, il contrario di come hai adesso.
Per farlo:
- via ftp fai una nuova cartella e la chiami "vecchiosito"
- Ci sposti tutto quello che hai nella root, ad eccezione della cartella "joomla"
E così abbiamo spostato il vecchio sito.
Ora mettiamo il sito joomla nella root:
- via ftp sposti
il contenuto della cartella "joomla" nella root
- editi il file configuration.php eliminando i riferimenti alla cartella "joomla"
- elimini la cartella "joomla" che deve risultare vuota.
A posto
In ogni caso fai dei backup, sia del vecchio sito, che del nuovo.
E' il sistema migliore per avere tutto sotto controllo.
Ciao!