Credo che la soluzione possa essere quella di fare back del solo database... Reinstalli il sito che abbia le stesse caratteristiche, rimetti moduli e plug che ti interessano e che hai mantenuto nel sito e poi ributti il database con phpmyadmin
Se poi gli utenti non sono molti, ti conviene rifarlo da zero a questo punto e poi li reinserisci a mano... Un lavoraccio ma se sono pochi ne vale la pena!
Resta di fatto che dovresti assegnare agli utenti delle password casuali...
Per le foto i loghi ecc. salvi la cartella contenente le immagini sul tuo PC e una volta fatte tutte le operazioni le rimetti su FTP...
Spero di essermi spiegato bene!
Se fai il back di tutto il sito quando lo rimetti on line è uguale a prima!
Io avevo fatto così:
Avendo avuto problemi con il sito, l'ho ricaricato da nuovo, ho caricato estensioni e componenti che mi interessavano e l'ho tirato perfetto come mi interessava nascondendo il modulo login e registrazione, dopo di che li ho inseriti a mano (scaricando preventivamente la lista con indirizzi mail e nome utenti ecc.) assegnando una password random digitata a caso sulla tastiera, in modo che poi agli utenti arrivava la nuova password che per altro nemmeno io sapevo.
Una volta fatta questa operazione, ho inviato con Acymail una newsletter agli utenti ai quali ho chiesto scusa per i disguidi, comunicando di aver avuto un problema con il server e li ho invitati a modificare la loro password di registrazione...
Se hai bene in mente cosa devi fare è un'operazione che non ti porta via troppo tempo!