La visibilità SEO non dipende assolutamente da plugins o estensioni, ben altri sono i parametri, specie quelli relativi ai contenuti.
La gestione multilingua introdotta con 1.6, migliorata con 1.7 e confermata in 2.5 funziona benissimo e non dà assolutamente alcun problema. Oltretutto i templates non interferiscono con le funzioni del linguaggio, in quanto operano da tutt'altra parte.
Se ti ostini a mantenere en come linguaggio predefinito non avrai nessuna gestione multilingua.
Dammi retta, disinstalla un po' di plugins ed estensioni inutili, doppioni di funzioni già perfettamente gestite da Joomla, e segui il consigli che ti ho dato io prima.
Se hai dei dubbi vai a vedere il mio sito, dove le lingue gestite con i soli attrezzi di Joomla sono 7!