Non è analytics il problema, ma lo strumento integrato di statistica... ad esempio, se tu vai a visitare un articolo ti conta 1 visita, se tu premi F5 (o aggiorni la schermata del browser) conta un'altra visita.
Di conseguenza, tieni presente che i dati forniti da Google Analytics sono più affidabili, rispetto a quelli forniti dai contatori di visite integrati in Joomla