Ho individuato i file ed i malware.
1) Trojan.JS.Iframe.AYE (in 2 file)
2) Backdoor.PHP.WebShell.BD (in 1 file)
Il trojan e backdoor sono in due file .php diversi nella cartella images e non mi sembra che mi servano questi tipi di file, a meno che non servano a qualche componente ma non essendo programmatore non saprei...
Mentre di nuovo il trojan lo ritrovo nella index del template.
Tra oggi e domani ci lavoro e aggiorno il post in modo che a qualcuno con il mio stesso porblema possa essere di aiuto e piu chiaro possibile.
Inoltre chi avesse consigli, suggerimenti e quant'altro per debellare i malefici problemi adesso che li ho individuati bene bene sarebbe grandiosissimo