Mi sono spesso trovato con siti in cui sono stati modificati file di joomla (o di estensioni)...non c'è niente di male nel farlo, se fatto bene e consapevoli che ad ogni aggiornamento si perdono le modifiche.
Questi casi potrebbero essere template, moduli o componenti senza override...plugin di sistema ecc ecc.
Ad esempio chi ha sviluppato il sito potrebbe aver modificato il template del login di joomla direttamente dal modulo, con l'aggiornamento si perderebbero quelle modifiche perchè il modulo verrebbe sovrascritto. Così per gli altri migliaia di file di sistema

ti conviene prima chiedere o potresti ritrovarti a sistemare riga per riga di tutti i file