Per maicolstaip:
ho fatto come dici, rispetto all'index.php "vergine" qualcosa cambiava, comunque, anche sovrascrivendolo, è rimasto tutto invariato (ho provato anche ad eliminare index3.php, che effettivamente non dovrebbe esistere!, ma... nisba!)
per xplosion:
purtroppo temo proprio che sia l'unica cosa da fare!
riguardo alle cartelle, io uso Ciberduck e lì si vedono così
(lavoro su un mac con un OS un po' datato, sul quale Filezilla non gira).