In effetti è vero... Hai inserito un margin-top -258px
#td_menu_wrap { background-color: #053A6F; background-image: none; border-radius: 23px 0 23px 0; left: 0; position: relative; top: -258px; z-index: 1;}
è quello che sballa e ti fa sembrare di aver raddoppiato lo spazio.
Ti conviene usare una posizione adeguata, non forzare il posizionamento con un margin negativo.
Se non c'è, non la vedo perché non hai attiva la visualizzazione delle posizioni, puoi aggiungerla, fai un lavoro più pulito.