Ciao r.colzi,
ma, per mettere il logo sotto il giglio dal css devi correggere così:
#giglio { background: url("/immagini/mexican.png") no-repeat scroll center 110px rgba(0, 0, 0, 0); height: 324px; position: absolute; right: 966px; top: 60px; width: 190px;}
lo trovi nel file template.css, non so dirti la riga, hai una compressione dei css.
Però potresti anche fare un'unica immagine giglio + marchio e poi cambiare solo le misure del contenitore...
Per ridimensionare correttamente il logo aggiungi questo al fondo del file template.css
#logo h1 img { height: 90% !important; width: 90% !important;}
Però da qualche parte hai impostato misure diverse per il logo. Magari nelle impostazioni in backend... Se riesci aggiusta quelle che ci sono, altrimenti il css che aggiungi le sovrascrive comunque.