A volte non vuol dire che se non si hanno problemi i moduli funzionino correttamente.
Ti faccio un esempio, ho installato, in previsione di una migrazione, un contatore visite compatibile 2.5 /3.x tutto bene per qualche giorno, poi oggi in alcune pagine il sito non si visulizzava, attivato il debug leggo di un problema con il modulo jv_counter: exsausted memory db... o qualcosa del genere... eppure il modulo funzionava da giorni!
disattivato tutto è tornato alla normalità.
In Joomla 3.x in questo caso se vai su: Controllo globale vedi degli elementi da sbloccare?
Il tuo servizio di hosting ti permette di "riparare i permessi" delle cartelle/file nel tuo sito?