qualsiasi file con un punto prima del nome, nei sistemi linux e mac è interpretato come file nascosto e quindi non visibile a meno che non imposti la visibilità nelle opzioni del finder
però all'interno dell'explorer di filezilla te lo fa vedere comunque.
quelle stringhe modificate è importante che ci siano, qualche volta si fa confusione e si modifica un'altra versione di quel file, così non si vede nessuna modifica.
in'oltre è possibile che il tuo servizio di hosting abbia bisogno di un particolare file con le istruzioni giuste, questo succede raramente ma succede.
Puoi saperlo rivolgendoti a quest'ultimo.
questo è un articolo sull'attivazione del SEO, anche se è stato realizzato quando la versione 1.5 era nuova di zecca, niente è cambiato.
Prova a leggerlo per capire se c'è qualcosa di diverso rispetto a cio che hai fatto
http://www.joomla.it/articoli-della-community/903-configurazione-seo-di-joomla-rendere-appetibile-il-sito-ai-motori-di-ricerca.html