Ciao,
a me i links me li trasforma in automatico, comunque prova così:
Components > JCE Editor > Editor Global Configuration
In basso nella finestra "Custom Configuration Variables" metti
autolink_url:true;
autolink_email:true
Poi per rendere il target come preferisci di default
Editor Profiles > Default
Nel tab plugin parameters clicchi l'immaginetta "link" e puoi scegliere il target che preferisci.
Ciao!