1 - magari non lo hai fatto tu, ma c'è
2 - il comportamento di Google rispetto alla cosa è normale, controlla che in anche WMT il dominio sia gestito senza il www
3 - il problema potrebbe esserci se ti sta indicizzando il sito sia con che senza www (sarebbe completamente duplicato)
4 - controlla qualche posizionamento e verifica quando clicchi dove finisci, se su una 404 è grave se ti fa redirect sulla nuova url è OK