Ciao dottorino,
quel template non l'ho mai usato ma vedo che in rete c'è molta documentazione.
Così a naso direi che il menu principale probabilmente lo dovrai settare dalla gestione del template stesso e non con il classico sistema menu- modulo-posizione.
Ciao!
PS L'errore che vedi è dato da uno sbaglio ad editare la posizione banner
/** <div id=""></div> */
ma forse ce ne sono anche altri...
/* contenuto da nascondere */
va bene per i css
nell'html devi usare
<!-- contenuto da nascondere -->