Per l'altro menù lo togli da qui:
.moduletable_menu h3 { background: none repeat scroll 0 0 rgba(0, 0, 0, 0); border-bottom: 1px solid #222233; color: #222233;}
riga 183
ma magari togli il titolo MENU PRINCIPALE, non serve a un granché. Se lo togli la riga nera va via da sola...
Non so cosa vuoi fare... Se togli il float:left; va a posto ma il menù principale passa sotto. Devi correggere così:
#logo { height: 100px; margin: 0 20px 0 0; padding: 0; text-align: left; width: 250px;}
togliere anche il display:inline;
Se lo vuoi lasciare com'è devi abbassare a 80px l'altezza del logo, quindi rimpicciolirlo.
Poi mi sa che hai anche modificato l'item-page togliendo un margin-top, almeno credo perché se fai le modifiche è troppo su.
Nel caso:
.item-page { margin-top: 40px;}
template.css riga 549
Prendi Firebug per firefox e vedi le modifiche on-line prima di scriverle sul file. In generale è sempre meglio avere un file custom.css (se il template non ne ha uno, aggiungerlo) in modo che sia semplice fare modifiche e cancellarle se si vede che impastrocchiano il template.
Un mio modesto consiglio? Riparti dai file originali, tocca il css il meno possibile e fai un marchio lungo com'è sulla demo. Il template è bello così, se hai necessità diverse guarda un altro template...