Ciao
è successo anche a me e credo proprio che il problema stia nella convivenza del plugin in questione con joomla 3 (nella 2.5 non mi succedeva). D'altronde usando JCE come editor sarebbe un peccato rinunciarci.
Credo di aver risolto settando un parametro nella configurazione di JCE, se vuoi provare vai su editor profiles (ho la versione inglese) poi default, o quello che è il profilo attivo, poi plugin parameters, quindi image manager (sulla sinistra) e imposta su yes il parametro "allways include dimensions".
Se ce l'hai in italiano vedi a cosa corrispondono le voci.
A me ha funzionato.
Ciao