su Joomla 2.5 c'è ben poco da fare, è una versione obsoleta che non è più supportata e con bug noti di sicurezza, quindi facile da "bucare" per i malintenzionati che vogliono modificare i file del tuo sito.
Su Joomla 3 devi mantenere aggiornata la versione di Joomla all'ultima disponibile (ad oggi la 3.5.1) e tutte le estensioni esterne installate aggiornate alle ultime versioni disponibili.
Poi però devi anche valutare che se sono già riusciti a "bucarti" il sito perchè non era aggiornato ed ora sono dentro possono aver inserito una loro porta di accesso ed anche se aggiorni continueranno ad entrare.