Impostazioni SEO corrette, il mod_rewrite credo sia attivo perchè le url vengono riscritte.
Invece riguardo al file .htaccess io l'ho trovato già rinominato in quanto mi è stato dato in gestione il sito che era già online. Però nutro dei dubbi, non vorrei che il webmaster precedente avesse fatto delle modifiche ed io non so riconoscerle. Per esempio c'è questa stringa che non so se può essere la causa di questo errore
RewriteRule .* index.php [F]
Che dite?