Ho dato un'occhiata e credo si sia chiarito il "mistero"...
Il "contenitore" del menu che sta nella Home Page del tuo sito segue questa regola:
.homepage.home-layout2 #yt_wrapper #yt_menu {
margin-bottom: 30px;
}
mentre nelle altre pagine la regola assegnata è:
.home-layout2 #yt_wrapper #yt_menu {
background-color: #FFEA00;
}
che come vedi imposta solo il colore giallo del background, ma non il margine inferiore (margin-bottom: 30px;) che nella Home Page "allontana" l'header dal container dove sta l'articolo.
Non devi fare altro che sostituirla con:
.home-layout2 #yt_wrapper #yt_menu {
background-color: #FFEA00;
margin-bottom: 30px;
}
e dovresti ottenere il risultato voluto. Al limite puoi aggiungere !important a margin-bottom: 30px ( margin-bottom: 30px !important;).
Se il tuo template, come praticamente tutti, ha un custom.css ti conviene mettere lì la nuova regola.
Fai sapere se funzia!