Non hai scritto da che versione a che versione hai fatto l'aggiornamento. Questo è essenziale per capire.
Poi non ho capito se entri nel backend o no. In effetti potrebbe trattarsi di un problema di permessi che si potrebbero sistemare accedendo alla pagina di amministrazione. Se non si accede si potrebbe agire sul server con Filezilla, mettendo i permessi di directory a 755 e quelli di file a 644 ed incrociando le dita.
Ultima domanda: hai un backup recente, ovviamente pre-aggiornamento?