Bhè, intanto cerca di essere un pò + preciso (a partire dal titolo del tuo post).
Comunque, è difficile dirlo.
Io suggerirei intanto di disattivare tutte le impostazioni SEO e far lavorare Joomla e VM in modo standard.
Se il problema si risolve così, sai dove devi indagare per risolvere definitivamente le magagne...
Per esperienza personale posso dirti che:
J! 1.0.15 Stable ITA e
VM 1.0.15 Mi funzionano bene con
sh404SEF Version_1.3.4 - build_288